La Gerencia Marítima es la responsable de aplicar la Ley General Marítimo Portuaria, los Reglamentos y los Convenios ratificados por El Salvador con el objetivo de ordenar el subsector del transporte marítimo, a fin de garantizar la seguridad de la navegación, la salvaguarda de la vida humana en el mar, la protección del medio ambiente marino, la facilitación del tráfico marítimo, así como la formación y titulación de la gente de mar, entre otros.